1.(1)该项目施工招标方式不妥当。(2)理由：《招标投标法》第十一条规定，国务院发展计划部门确定的国家重点项目和省、自治区、直辖市人民政府确定的地方重点项目不适宜公开招标的，经国务院发展计划部门或者省、自治区、直辖市人民政府批准，可以进行邀请招标。即重点项目都应当公开招标，不适宜公开招标的，经批准也可采用邀请招标。该项目不在邀请招标的范围内，应该进行公开招标。
2.(1)施工企业修改报价的行为不妥当。(2)理由：招标人与投标人不得就报价的实质性内容进行谈判。《招标投标法》第四十三条规定，在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判变更。
3.(1)该项目施工招标中标通知书上注明的进场开工时间与招标文件的规定允许不一致。(2)理由：中标通知书是指招标人在确定中标人后向其发出的书面文件。中标通知书的内容应当简明扼要，但至少应当包括告知投标人已中标，签订合同的时间和地点等内容。
4.(1)该项目施工招标文件中有关投标保证金的规定不妥当。(2)理由：《招标投标法实施条例》规定，招标人在招标文件中要求投标人提交投标保证金的，投标保证金金额不得超过招标项目估算价的2%。《工程建设项目施工招标投标办法》和《工程建设项目货物招标投标办法》规定，投标保证金不得超过项目估算价的2%，且最高不得超过80万元。
5.(1)该项目施工总承包合同无效。(2)理由：《招标投标法》第四十三条规定，在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判。本案例中，开标后，招标人与C企业进行了多次谈判并达成一致，随后C企业将投标报价修改，属于中标无效。
6.(1)招标人对C企业投标保证金的处置妥当。(2)理由：《招标投标法实施条例》第五十八条规定，招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当按照招标文件的要求提交。按照《招标投标法实施条例》的规定，投标截止后投标人撤销投标文件的，招标人可以按照规定不退还其投标保证金；中标人无正当理由不与招标人签订合同，或者在签订合同时向招标人提出附加条件，或者不按照招标文件要求提交履约保证金的，招标人不予退还其投标保证金。本案例中，拒不提交所要求的履约保证金的，招标人可取消其中标资格，并没收其投标保证金。
7.(1)如合同没有约定争议解决条款，招标人要起诉施工企业，主张损害赔偿，应该向施工行为地法院提起诉讼。(2)理由：《民事诉讼法》规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。合同履行地是指合同约定的履行义务的地点，主要是指合同标的的交付地点。对于建设工程施工合同纠纷，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》中规定，建设工程施工合同纠纷以施工行为地为合同履行地。
