1．合同争议的成因较为复杂，从是否因违反合同约定导致争议的角度分为：
(1)违约成因。合同订立建立在当事人的自愿与平等协商的基础上，合同当事人应当严格根据合同的约定履行各自义务。当事人违反合同的约定是造成合同争议的重要原因。
(2)非违约成因。此类成因多种多样，如缔约过失、约定不明、情势变更、异常恶劣的气候条件、不可抗力等。
因此本案例中合同争议的成因可能是违约或非违约。
2．(1)本仲裁条款无效。
(2)理由：《仲裁法》第1 8条规定，仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确的，当事人可以补充协议；达不成补充协议的，仲裁协议无效。虽然本案中的仲裁条款有发生争议通过仲裁解决的意思表示，且仲裁条款约定了解决争议所适用的准据法，但是，该仲裁条款并未对仲裁机构作出约定，无法确定争议应提交哪一仲裁机构仲裁，且双方当事人亦未就仲裁条款达成补充协议，因此，本案例中的仲裁条款无效。
3．(1)鉴于仲裁协议无效，上海甲公司应向合同签订地上海市黄浦区人民法院起诉。 (2)理由：《民事诉讼法》第265条规定，因合同纠纷或者其他财产权益纠纷，对在中华人民共和国领域内没有住所的被告提起的诉讼，如果合同在中华人民共和国领域内签订或者履行，或者诉讼标的物在中华人民共和国领域内，或者被告在中华人民共和国领域内有可供扣押的财产，或者被告在中华人民共和国领域内设有代表机构，可以由合同签订地、合同履行地、诉讼标的物所在地、可供扣押财产所在地、侵权行为地或者代表机构住所地人民法院管辖。如果日本乙公司在上海无住所，但合同签订地在上海，因此，上海甲公司可以向合同签订地上海黄浦区人民法院起诉；如果日本乙公司有符合其他地域管辖条件的，上海甲公司也可以向该等符合管辖要求的法院起诉。
4．(1)上海甲公司起诉属于涉外民事诉讼。涉外民事诉讼是指具有涉外因素的民事诉讼。涉外因素主要是指在法律关系的诸要素中至少有一个因素与外国有联系，如诉讼当事人一方或各方是外国人、无国籍人、外国法人或其他组织；诉讼所涉的标的物在外国领域内；产生、变更或消灭民事权利义务关系的法律事实发生在国外。涉外民事诉讼程序是指人民法院受理、审判及执行具有涉外因素的民事案件时所适用的程序。
(2)涉外民事诉讼相比一般的民事诉讼而言，有很多特殊规定。该上海甲公司起诉时，应当予以注意，这些特殊规定主要包括：①管辖问题；②法律适用问题；③外国法律判决或仲裁裁决的承认与执行问题；④语言文字的选择问题。
