1．该项工程施工合同协议书的不妥之处及正确做法具体如下：
(1)不妥之处：承包范围为该工程施工图所包括的土建工程。
正确做法：施工单位承包工程，应将一项工程的土建、装饰、水暖电作为一个标包来承包，不能将其分解。因此，承包范围应该为施工图所包括的土建、装饰、水暖电等全部工程。
(2)不妥之处：本工程采用总价合同形式。
正确做法：该工程是采用边设计边施工的方式进行，对工程总价不能很好的估算，应采用单价合同。
(3)不妥之处：工程质量标准要求达到承包商最优的工程质量。
正确做法：以《建筑工程施工质量验收统一标准》中规定的质量标准作为该工程的质量标准。
(4)不妥之处：在工程基本竣工时，支付全部合同价款。
正确做法：支付合同价款的时间应在合同中明确指出，“基本竣工”概念不明确，容易产生分歧。
(5)不妥之处：乙方不得因甲方资金的暂时不到位而停工和拖延工期。
正确做法：应说明在什么期限内甲方资金不到位，乙方不得停工和拖延工期。
2．该项工程施工合同的其他补充协议中的不妥之处及正确做法具体如下：
(1)不妥之处：乙方在施工前不能将工程分包，只能转包。
正确做法：不能转包，可以分包。
(2)不妥之处：甲方不负责提供施工场地的工程地质和地下主要管网线路资料。
正确做法：如果不提供施工场地的工程地质和地下主要管网线路资料，将会严重影响施工单位正常施工，因此，甲方应负责提供工程地质和地下主要管网线路资料。
(3)不妥之处：乙方应按项目经理批准的施工组织设计方案来组织施工。
正确之处：应按工程师（或业主代表）批准的施工组织设计方案来组织施工。
3．建设工程施工合同纠纷处理的方式包括和解、调解、仲裁和诉讼。《合同法》第1 8条规定，当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书；拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。此外，建设工程施工合同纠纷处理时，承发包双方可以选择专业的建筑工程纠纷调解机构调解争议，或者采用争议评审制度。
4．除专用合同条款另有约定外，市场价格波动超过合同当事人约定的范围，合同价格可以按照以下三种方式调整：①采用价格指数调整价格差额；②采用造价信息调整价格差额；③专用合同条款约定的其他方式。
5．施工合同条款对竣工结算的约定应包含如下内容：
(1)竣工结算申请，该条款的设计牵涉到竣工结算文件提交的时间、内容、主体等方面的具体内容。竣工结算文件的内容通常应包括竣工结算合同价格、发包人已支付承包人的款项、应扣留的质量保证金、发包人应支付承包人的合同价款以及专用合同条款约定的其他内容。
(2)竣工结算审核，该条款内容应明确竣工结算的审批、支付以及异议程序，并应规定发包人的及时审批义务，对于引起争议的结算事项，可以采用临时付款证书的方式，并对迟延支付竣工结算款项严重的给予双倍贷款利息罚息的规定，以规范工程竣工结算，解决长期存在的拖延结算和欠付工程款纠纷。
(3)最终结清，是合同当事人在缺陷责任期终止证书颁发后，就质量保证金、维修费用等款项进行的结算和支付。最终结清条款内容应包括最终结清的条件、程序、逾期支付的程序。
