【参考答案】
1．聚源城市信用合作社可以提起行政诉讼。根据《行政诉讼法》第1 1条第1款第3项关于受案范围的规定，公民、法人或者其他组织“认为具体行政行为侵犯法律规定的经营自主权的，有权提起行政诉讼”。
2．聚源城市信用合作社的理事会不具备原告主体资格。股东大会、股东代表大会、董事会以及理事会只是被法律允许代为行使企业的起诉权，真正具备原告主体资格的是聚源城市信用社。
3．S市分行可以成为本案的被告。S市分行作出决议直接更换信用社的负责人，该行为侵犯了信用社的经营自主权。
4．被告的辩称理由不能成立。因为中国人民银行S市分行作出书面通知时并未告知聚源城市信用合作社诉权和起诉期限，所以聚源城市信用合作社的起诉期限适用2年的最长保护期。一审法院必须在1 0日内作出不予受理的裁定，若在1 0日内不能决定是否受理的应当先予受理，受理后经审查不符合起诉条件的，裁定驳回起诉。
5．一审法院判决撤销被告作出的书面通知是正确的。因为被告的具体行政行为超越了其职权范围。
6．可以，根据《行政诉讼法》第50条的规定，在二审中，当事人可以提出的新证据，法庭应当组织质证。
【法理分析】
1．经营者的经营自主权受法律保护。行政相对人认为行政机关采用行政手段限制或剥夺自己在法定范围内的人、财、物的使用与调配权，给自己的自主经营造成损失的，可以借助司法抵御这种不法的行政侵权行为。实践中，行政机关侵犯企业经营自主权的表现形式有很多，主管机关随意任免企业的法定代表人就是侵犯企业经营自主权的一种表现形式。企业的法定代表人是企业的决策者，随意任免企业的法定代表人，实质上侵犯了企业经营自主权的核心，企业可以提起行政诉讼。
2．《行政诉讼法解释》第1 8条规定：“股份制企业的股东大会、股东代表大会、董事会等认为行政机关作出的具体行政行为侵犯企业经营自主权的，可以企业名义提起诉讼。”根据该条规定，股份制企业的内部机构要提起行政诉讼，应当具备以下几个条件：第一，提起诉讼的企业必须是股份制企业。第二，必须是股份制企业的股东大会、股东代表大会、董事会等内部机构认为具体行政行为侵犯了企业的合法权益。第三，行政机关侵犯的是股份制企业的经营自主权。在本案中，信用社是一个独立的法人，有权选举出自己的负责人，而人民银行决议直接更换信用社的负责人的行为，侵犯了企业的经营自主权。第四，以企业的名义提起诉讼。董事会、股东大会、股东代表大会以及理事会作为股份制企业的内部机构，其不具备独立的诉讼权利能力。因此，不能够以自己的名义提起诉讼，而只能以股份制企业的名义提起诉讼。
3．《行政诉讼法解释》第97条规定：“人民法院审理行政案件，除依照行政诉讼法和本解释外，可以参照民事诉讼的有关规定。”《民事诉讼法》第48条第1款规定：“公民、法人和其他组织可以作为民事诉讼的当事人。”以及《民诉意见》第40条规定，《民事诉讼法》第49条（现为第48条）规定的其他组织是指合法成立、有一定的组织机构和财产，但又不具备法人资格的组织，包括……(6)中国人民银行、各专业银行设在各地的分支机构……按照上述规定，此行政案件可参照《民事诉讼法》的规定，S市分行作为中国人民银行的分支机构，可以成为本案的被告。
4．《行政诉讼法解释》第4 1条第1款规定：“行政机关做出具体行政行为时，未告知公民、法人或者其他组织诉权或者起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道诉权或者起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道具体行政行为内容之日起最长不得超过2年。”此处的“2年”是行政机关未履行告知当事人诉权或起诉期限时当事人行使诉权的最长保护期，即如果行政机关事后履行告知义务，当事人行使诉权的期限从告知之日起计算，如果行政机关一直未履行告知义务，则当事人行使诉权的期限以从当事人知道或应当知道具体行政行为的内容之日起2年为期。在2年之内的任何时候均可起诉，逾期则丧失诉权。本案中，被告S市分行于20 1 1年1 0月29日通知信用社委派事宜，可得知原告信用社此时知道了具体行政行为的内容。原告201 3年5月29日起诉时，并未超过2年的起诉期限。《行政诉讼法解释》第32条第1款、第2款规定，人民法院应当组成合议庭对原告的起诉进行审查，符合起诉条件的，应当在7日内立案；不符合起诉条件的，应当在7日内裁定不予受理；7日内不能决定是否受理的，应当先予受理；受理后经审查不符合起诉条件的裁定驳回起诉。
5．城市信用社是具有法人地位的经济实体，而不是作为银行的附属机构，所以它只受中国人民银行的领导、管理、协调监督和稽核。这种领导和管理是中国人民银行对外的行政行为。城市信用合作社实行独立核算、自主经营、自负盈亏，其管理体制是股东代表大会选举理事会和监事会，实行理事会领导下的主任负责制。信用社主任或负责人由理事会聘任，报中国人民银行审核。而在本案中，S市分行委派本行工作人员王某主持信用社的日常工作，被告所作出的此具体行政行为，侵犯了原告的人事管理和经营决策权，是违法的。《行政诉讼法》第54条第2项规定：“人民法院经过审理，根据不同情况，分别作出以下判决……（二）具体行政行为有下列情形之一的，判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出具体行政行为：1．主要证据不足的；2．适用法律、法规错误的；3．违反法定程序的；4．超越职权的；5．滥用职权的。”本案中，被诉具体行政行为属于超越职权的情形，因此，人民法院判决撤销被告的行政侵权行为，依法保护原告的经营自主权，是正确的。
6．最高人民法院《关于行政诉讼证据若干问题的规定》（以下简称《行政诉讼证据规定》）对原告的举证期限作出了规定。原则上，在第二审程序中不允许原告再提供证据，见《行政诉讼证据规定》第7条规定：“原告或者第三人应当在开庭审理前或者人民法院指定的交换证据之日提供证据……逾期提供证据的，视为放弃举证权利。原告或者第三人在第一审程序中无正当事由未提供而在第二审程序中提供的证据，人民法院不予接纳。”但案件事实是复杂的，为了更好地平衡当事人之间的权利义务关系，《行政诉讼证据规定》又在后面的条文中作出了补充规定，只要符合第52条中的新的证据条件的，无论是原告、第三人还是被告都可以在第二审程序中提出新证据，法庭应当组织质证。新的证据是指：(1)在一审程序中应当准予延期提供而未获准许的证据；(2)当事人在一审程序中依法申请调取而未获准许或者未取得人民法院在第二审程序中调取的证据；(3)原告或者第三人提供的在举证期限届满发现的证据。
