(1)税务机关的不当之处有：①企业支付给供货方违约金4万元可以在企业所得税前扣除，不需作纳税调整增加。企业的做法没有错，税务机关不应该对其进行纳税调整。根据税法规定，经济违约金属于可税前扣除的费用；②补缴企业所得税11.5万元不当，税务机关对调整增加的应纳税所得额不应直接按适用税率计算应补缴的企业所得税，而应调整企业原已申报的应纳税所得额-120万元。根据税法规定，税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损，且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补亏损后仍有余额的，按企业所得税法规定计算缴纳企业所得税；③因企业所得税的处罚不当，滞纳金应从纳税期满开始计算，因为企业所得税的纳税期限为年度终了之日起5个月内，即5月31日前缴清税款，滞纳期间应自2011年6月1日开始计算，而不应按2011年1月1日开始计算。④企业未代扣的个人所得税的罚款是正确的，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。但是未代扣代缴个人所得税，扣缴义务人不用征收滞纳金。(2)企业对税务机关作出的补缴税款及滞纳金不服的，可以申请税务行政复议。申请人可以在知道税务机关作出具体行政行为之日起60日内提出行政复议申请。企业对税务机关作出的罚款决定不服的，可采取的措施包括税务行政复议或直接向法院起诉。提出行政复议申请期限为知道税务机关作出具体行政行为之日起60日内，向法院起诉的期限为接到通知或者知道之日起15日内。
