1.招标方案中工作的不妥之处及理由，具体分析如下：
(1)不妥之处：要求招标文件购买人在购买招标文件时即提交投标保证金100万元。理由：《工程建设项目施工招标投标办法》和《工程建设项目货物招标投标办法》规定，投标保证金不得超过项目估算价的2%，且最高不得超过80万元。投标保证金是投标文件的组成部分。投标人应在投标截止时间前将投标保证金递交给招标人，或按规定将投标保证金汇入招标人指定银行账户。
(2)不妥之处：分两批组织购买招标文件的潜在投标人进行现场踏勘。理由：按《招标投标法》、《工程建设项目施工招标投标办法》等有关规定，招标人不得单独或者分别组织任何一个投标人进行现场踏勘。
(3)不妥之处：向提出问题的招标文件购买人发出招标文件的书面澄清文件。理由：按照《招标投标法》第二十三条规定，招标人对已发出的招标文件进行必要的澄清或者修改的，应当在招标文件要求提交投标文件截止时间至少15日前，以书面形式通知所有购买招标文件的潜在投标人。
(4)不妥之处：组织开标会议，接受投标文件并开标。理由：合理的程序是先接受投标文件，再组建评标委员会，然后组织开标会议。
(5)不妥之处：从招标人提供的专家名单中随机抽取评标专家。理由：根据《招标投标法实施条例》第四十六条，依法必须进行招标的项目，其评标委员会的专家成员应当从评标专家库内相关专业的专家名单中以随机抽取方式确定。选择方式及程序是一般招标项目可以采取随机抽取方式，特殊招标项目可以由招标人直接确定。
(6)不妥之处：与中标候选人就中标价格进行谈判。理由：确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判。
2.(1)招标公司建议选用固定总价合同合理。(2)理由：总价合同是指在合同中确定完成一个项目的总价，承包人据此完成项目全部内容的合同。这种合同计价类型通常适用于工程量事先能够准确计算且实施期间极少变更的项目。总价合同一般适用于工程规模较小、技术比较简单、工期较短（一般不超过一年）、具备完整详细设计文件的工程建设项目。
3.(1)招标公司在招标方案中提出的将专业工程单独招标的建议合理。(2)理由：取得专业承包资质的企业（简称专业承包企业），可以承接施工总承包企业依法分包的专业工程和发包单位依法发包的专业工程。专业承包企业可以对所承接的专业工程全部自行施工，也可以将劳务作业依法分包给具有相应资质的施工劳务企业。
