对以上资格审查过程中的不妥之处及理由具体分析如下：
(1)不妥之处：资格审查委员会要求申请人1确认是参加联合体还是独自申请，并确认申请人1的申请合格。理由：不符合只能提交唯一有效申请的标准。联合体各方在同一招标标段中以自己的名义单独投标或者参加其他联合体投标的，相关投标均无效。
(2)不妥之处：资格审查委员会认为申请人2采用子公司资质申请有效。理由：资格预审的初步审查一般包括审查申请人名称与营业执照、资质证书、安全生产许可证是否一致。本案例中，申请人2不符合申请人名称应与营业执照、资质证书、安全生产许可证一致的要求。
(3)不妥之处：资格审查委员会确认申请人3的申请合格。理由：不符合必须具备有效的安全生产许可证的要求。根据《安全生产许可证条例》（国务院[2004]令第397号）有关规定，建筑业施工企业应具有安全生产许可证，未取得安全生产许可证的，不得从事工程施工活动。
(4)不妥之处：资格审查委员会认为其他外部证据不能作为审查的依据，依据资格预审文件判定申请人5通过了资格审查。理由：资格预审要审查是否符合“在最近三年内没有骗取中标和严重违约及重大工程质量问题”的要求，而申请人5不符合近三年内没有骗取中标行为的要求。
(5)不妥之处：确认申请人1、2、3、5、6、7、8、9、10、11和12通过了资格审查。理由：应该确认申请人6、7、8、9、10、11通过了资格审查。
