本案工程招标文件中规定的不妥之处如下。
(1)要求的投标保证金的金额不妥。《工程建设项目勘察设计招标投标办法》规定：招标文件要求投标人提交投标保证金的，保证金数额一般不超过勘察设计费投标报价的2%，最多不超过20万元人民币。
(2)未中标的投标文件不予退还不妥。根据规定，招标人应当在中标结果通知所有未中标人后7个工作日内，返还未中标人的投标文件。
