1.该项目施工招标存在6方面问题(或不妥之处)，分述如下：
(1)"为赶工期政府方决定对该项目进行施工招标"不妥，因为本项目尚处在与BOT项目公司谈判阶段，项目的实际投资、建设、运营管理方或实质的招标人尚未确定，说明资金尚未落实，因而不具备施工招标的必要条件，尚不能进行施工招标。
(2)"招标人委托咨询单位编制了两个标底"不妥，因为一个工程只能编制一个标底。
(3)"两个标底分别用于对本市和外省市施工企业投标价的评定"不妥，因为招标人不得对投标人实行歧视待遇，不得以不合理的条件限制或排斥潜在投标人，不能对不同的投标单位采用不同的标底进行评标。
(4)"招标人将对所有问题的书面答复以备忘录的形式分发给各投标人"不妥，因为招标人对投标人的提问只能针对具体问题作出明确答复，但不应提及具体的提问单位(投标人)，也不必提及提问的时间(这一点可不答)。按《中华人民共和国招标投标法》规定，招标人不得向他人透露已获取招标文件的潜在投标人的名称、数量以及可能影响公平竞争的有关招标投标的其他情况，而从该备忘录中可知投标人(可能不是全部)的名称。
(5)"在书面答复投标人的提问后，招标人组织各投标人进行了施工现场踏勘"不妥，因为施工现场踏勘应安排在书面答复投标单位提问之前，投标人对施工现场条件也可能提出问题。
(6)"在投标截止日期前10d，招标人书面通知各投标人将收费站工程从原招标范围内删除"不妥，因为若招标人需改变招标范围或变更招标文件，应在投标截止日期前至少15d(而不是10d)以书面形式通知所有招标文件收受人。若迟于这一时限发出变更招标文件的通知，则应将原定的投标截止日期适当延长，以便投标单位有足够的时间允分考虑这种变更对报价的影响，并将其在投标文件中反映出来。本案例背景资料未说明投标截止日期已相应延长。
2.如果在评标过程中才决定删除收费站工程，则在对投标报价的评审中，应在征得各投标人书面同意后，将各投标人的总报价减去其收费站工程的报价后再按原定的评标方法和标准进行评标;而在对技术标等其他评审中，应将所有与收费站工程相关因素的评分去除后再进行评审。
如果部分投标人要求撤回投标文件，招标人应予许可，并退还其投标保证金，赔偿其相应损失。
如果所有投标人均要求撤回投标文件，则招标人应宣告招标无效，并依法重新招标，给投标人造成的损失应予赔偿。
