(1)税务机关要求新华制造有限公司补缴企业所得税100万元的做法是正确的，因为此项投资损失不属于企业自行计算扣除的资产损失，须经税务机关审批后才能在企业所得税税前扣除;新华制造有限公司按税务机关要求补税后，应于2010年收集此项损失相关的证据向税务机关申请税前扣除。(2)税务机关自2009年1月1日起加收滞纳金的做法是不正确的，企业所得税的滞纳金应在汇算清缴期限界满开始加收，企业所得税汇算清缴时限为自年度终了之日起五个月内，所以应自2009年6月1日起加收滞纳金。
(2)经税务机关批准后，追补确认为2008年度的资产损失在企业所得税税前扣除，并调整2008年度的应纳所得税额;调整后计算的多缴的100万元企业所得税款，应按规定申请退还或者抵顶2010年度的企业所得税税款。
