(1)市国家税务局应该受理甲加工企业的行政复议申请。因为根据税法规定，行政复议申请符合下列规定的，行政复议机关应当受理：属于规定的行政复议范围；在法定申请期限内提出；有明确的申请人和符合规定的被申请人；申请人与具体行政行为有利害关系；有具体的行政复议请求和理由；符合税务行政复议规则第三十三条和第三十四条规定的条件；属于收到行政复议申请的行政复议机关的职责范围；其他行政复议机关尚未受理同一行政复议申请，人民法院尚未受理同一主体就同一事实提起的行政诉讼。本案例中纳税人对各级税务局的稽查局的具体行政行为不服的，向其所属税务局申请行政复议。该复议属于市国家税务局的管辖范围。纳税人对税务机关作出的征税行为（征收税款行为）提出行政复议，属于税务行政复议的受案范围。4月20日收到税务处理决定书，5月20日缴纳了税款，5月21日申请行政复议，即在规定的期限60日内提出的申请，也是符合规定的。有明确的申请人和符合规定的被申请人等都是符合条件的，所以市国家税务局应该受理甲加工企业的行政复议申请。(2)甲加工企业可以就不予受理行为向法院提起诉讼。因为根据税法规定，对应当先向行政复议机关申请行政复议，行政复议机关决定不予受理的，申请人可以自收到不予受理决定书之日起15日内，向人民法院提起行政诉讼。
