1.上表中评标标准的不妥之处及理由具体如下：
(1)不妥之处：外省市企业须在本市有500m2以上的营业场所。理由：《招标投标法》第十八条规定，招标人不得以不合理的条件限制或者排斥潜在投标人，不得对潜在投标人实行歧视待遇。
(2)不妥之处：资质等级要求为房屋建筑工程施工总承包特级资质。理由：根据建筑业企业资质管理相关规定，本项目仅需具备房屋建筑工程施工总承包二级及以上资质。资质等级只能作为资格评审的准入标准，在评标标准中提高资质等级要求不符合公平原则，可视为招标人对潜在投标人实施了歧视待遇。《评标委员会和评标方法暂行规定》第三条规定，评标活动遵循公平、公正、科学、择优的原则。第十七条规定，招标文件中规定的评标标准和评标方法应当合理，不得含有倾向或者排斥潜在投标人的内容，不得妨碍或者限制投标人之间的竞争。
(3)不妥之处：项目经理有二级建造师执业资格证书。理由：应该是具有二级及以上建造师执业资格证书。
(4)不妥之处：投标工期不得少于计划工期。理由：计划工期由招标人根据项目建设计划分析确定。招标人在投标人须知中要求的计划开工日期应尽可能地科学、客观、合理可行。投标工期不得超过计划工期。
(5)不妥之处：投标有效期为60日。理由：投标有效期是投标文件从投标截止之日起保持约束力的期限。根据相关法律规定，招标人应在投标有效期内作出承诺，并应满足完成开标、评标、定标以及签订合同等工作所需要的时间。本题中，不能满足组织并完成开标、评标、定标及合同签订需要90日的要求。
(6)不妥之处：投标保证金为80万元。理由：《招标投标法实施条例》第二十六条规定，招标人在招标文件中要求投标人提交投标保证金的，投标保证金金额不得超过招标项目估算价的2%。《工程建设项目施工招标投标办法》和《工程建设项目货物招标投标办法》规定，投标保证金不得超过项目估算价的2%，且最高不得超过80万元。本题中，该合同的预算价为3800万元，投标人应提交的投标保证金不得超过：3800*2%=76（万元）。
2.(1)评标委员会的组成妥当。(2)理由：《招标投标法》第三十七条规定，依法必须进行招标的项目，其评标委员会由招标人代表及技术、经济专家组成，成员人数为5人以上单数，其中技术和经济方面的专家不得少于三分之二。依法必须进行招标的项目，其评标委员会的专家成员应当从评标专家库内相关专业的专家名单中以随机抽取方式确定。技术复杂、专业性强或者国家有特殊要求，采取随机抽取方式确定的专家难以保证其胜任评标工作的特殊项目，报相应主管部门后，可以由招标人直接确定评标专家。
3.对评标过程中存在的不妥之处及理由具体分析如下：
(1)不妥之处：对投标文件的密封情况进行检查，确认密封合格后进行评审。理由：确认密封是否合格应在开标时由投标人代表或招标人委托的公证人员进行。依据招标文件规定的方式，组织投标人代表或招标人委托的公证人员对投标人自己和其他投标人的投标文件进行密封检查，其目的在于检查开标现场的投标文件密封状况是否与投标文件接收时的密封状况一致。如果投标文件密封状况与接收时的密封状况不一致，或者存在拆封痕迹的，招标人应当终止开标。
(2)不妥之处：评标报告中Y专家的签字由招标人代表代签。理由：评标报告应当由评标委员会全体成员签字，不能由招标人代表代签。对评标结论持有异议的评标委员会成员可以书面形式阐述其不同意见和理由。评标委员会成员拒绝在评标报告上签字又不陈述其不同意见和理由的，视为同意评标结果。
