对本案例中评标标准、评标方法和合同条款中存在的不妥之处、理由及修改建议，具体分析如下：
(1)不妥之处：投标报价高于其评标价时，以评标价为签约合同价。理由：合同价只能是中标人的投标报价。评标价是指经过算术错误修正后，再进行招标文件规定量化因素量化核定后的价格。该价格是评标使用的，不是中标价，不能作为签约的合同价。修改建议：以中标人的投标报价作为签约合同价。
(2)不妥之处：除设计变更和暂估价根据合同约定据实调整外，合同价格一次性包干。理由：暂估价是指招标人在工程量清单中提供的用于必然支付必然发生但暂时不能确定价格的材料、工程设备的单价以及专业工程的金额，已包括在固定总价中。总价合同是指在合同中确定完成一个项目的总价，承包人据此完成项目全部内容的合同。总价合同的工程数量、单价及总价一般不变，除约定的合同范围调整或者设计变更可以调整总价之外，也可约定人工、材料和设备等部分要素价格波动依据约定的指数调整总价，除此之外的其他风险则由承包人承担。修改建议：除发生约定的合同范围调整或者设计变更进行调价外，合同价格一次性包干。
(3)不妥之处：由分包人作为招标人与总承包人联合招标，另行选择专业单位施工。理由：分包工程不能再次分包。《建筑法》第二十九条规定：“禁止分包单位将其承包的工程再分包。”分包人不得将其承包的分包工程转包给他人，也不得将其承包的分包工程的全部或部分再分包给他人。即分包只能进行一次，禁止层层分包。修改建议：由总承包人作为招标人，另行选择专业单位施工。
(4)不妥之处：总包工程发包人不能按期向总承包人支付工程进度款时，应当视为总承包人向分包人付款的条件尚未成熟，分包人不得因此追究总承包人的逾期付款责任。理由：分包人与发包人不存在合同关系。修改建议：总包工程发包人不能按期向总承包人支付工程进度款时，总承包人仍应当向分包人付款，否则要追究总承包人的逾期付款责任。
(5)不妥之处：分包工程最终竣工结算价款以总承包人与总包工程发包人竣工结算价款中装饰装修部分的价款的97%为准。理由：分包工程最终竣工结算价款与总包工程发包人竣工结算价款没有直接联系。修改建议：分包工程最终竣工结算价款以总承包人与分包人竣工结算价款中装饰装修部分的价款为准。
