1.(1)本项目不具备工程施工总承包招标条件。
(2)理由：项目初步设计图样尚未审查批准。工程施工项目招标条件包括：①根据不同行业管理要求和工程施工招标的不同阶段，应当分别具有招标项目的工程初步设计或工程招标设计或工程施工图设计，且至少保证后续工程设计能够满足工程连续施工的需要，有关技术标准、规范已经编制完成；②有关立项、规划、用地、环境评估、总投资等经有关政府部门审批、核准或备案；③工程建设项目用地拆迁、场地平整、道路交通、水电、排污、通信及其他外部条件已经落实。本案例中，虽然项目可行性研究报告已获批准，但该项目初步设计图样正在审查中，尚未审查批准，不能立即启动招标程序。
2.招标公司的三条建议是否妥当及理由具体分析如下：
(1)招标公司的第(1)条建议不妥当。理由：该项目为地方重点工程，依法必须公开招标，采用邀请招标应当经批准或认定。依法必须公开招标项目主要有三类：①国家重点项目和省、自治区、直辖市人民政府确定的地方重点项目（《招标投标法》第十一条）；②国有资金占控股或者主导地位的依法必须进行招标的项目（《招标投标法实施条例》第八条）；③其他法律法规规定必须进行公开招标的项目。依法必须公开招标的项目，因存在需求条件和市场供应的限制而无法实施公开招标，且符合法律规定条件情形的，经招标项目有关监督管理部门审批、核准或认定后，可以采用邀请招标方式。
(2)招标公司的第(2)条建议不妥当。理由：专业工程暂估价应按中标价或发包人、承包人与分包人最终确认价计算。暂估价是指招标人在工程量清单中提供的用于必然支付必然发生但暂时不能确定价格的材料、工程设备的单价以及专业工程的金额。包括材料暂估单价、工程设备暂估单价和专业工程暂估价。专业工程暂估价一般是综合暂估价，应当包括除规费和税金以外的管理费、利润等取费。《招标投标法实施条例》第二十九条规定，以暂估价形式包括在总承包范围内的工程、货物、服务属于依法必须进行招标的项目范围且达到国家规定规模标准的，应当依法进行招标。本案中，以暂估价形式包括在总承包范围内的工程不能直接指定分包人，应该进行招标。
(3)招标公司的第(3)条建议妥当。理由：根据《工程建设项目货物招标投标办法》规定，技术简单或技术规格、性能、制作工艺要求统一的货物，一般采用经评审的最低投标价法进行评标。技术复杂或技术规格、性能、制作工艺要求难以统一的货物，一般采用综合评估法进行评标。综合评估法综合考虑了各项投标因素，适用于施工技术难度较高的项目。
3.(1)项目法人直接委托招标公司不存在问题。理由：项目法人与招标代理机构是一种委托与被委托的关系。招标人不具备自行招标条件的，应当委托具有相应专业资格能力的招标代理机构进行委托招标。
(2)该市建设行政主管部门不可以指定该市某招标中心为招标代理机构。理由：建设行政主管部门只有对招标投标活动进行监督的权力。我国招标投标行政监督职责由国务院指导协调部门、招标投标行政监督部门和其他相关部门分别承担，各行政职能部门根据法律和国务院规定的职责分工，构成一个完整的行政监督体系。根据《招标投标法实施条例》的规定，县级以上地方人民政府对其所属部门有关招标投标活动的监督职责分工另有规定的，从其规定。
