1．(1)A市人民政府发函要求解除特许经营协议的做法合法。
(2)《合同法》第94条第3项规定，当事人一方迟延履行主要债务，经催告后在合理期限内仍未履行的，对方当事人可以解除合同。本案中，B自来水厂未能按照特许经营协议的约定履行投入资金的义务，未能在合同约定的开工日期开始建设C自来水厂，且在A市人民政府多次催告的情况下，仍未能积极履行相应义务，因此，B自来水厂的行为已经构成根本违约。根据上述规定，A市人民政府有权要求解除合同，因此，A市人民政府发函要求解除特许经营协议的做法合法。
2．(1)特许经营协议在A市人民政府所发的解约函到达B自来水厂时即告解除。
(2)《合同法》第96条第1款规定，当事人一方依照本法第93条第2款、第94条的规定主张解除合同的，应当通知对方。合同自通知到达对方时解除。对方有异议的，可以请求人民法院或者仲裁机构确认解除合同的效力。
3．(1)B自来水厂应当向A市人民政府承担违约责任。
(2)如果特许经营协议中约定了明确的违约责任内容．B自来水厂应当按照违约责任的相应约定向A市人民政府承担责任；如特许经营协议没有约定违约责任，则A市人民政府有权要求B自来水厂承担因合同解除而遭受的损失。根据《合同法》第97条规定，合同解除后，尚未履行的，终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以要求恢复原状、采取其他补救措施、并有权要求赔偿损失。赔偿损失的范围包括A市人民政府订立合同、准备履行合同和因恢复原状而支出的费用。
4．特许经营合同涉及基础设施、公用事业和公共资源的建设利用，且涉及公共服务和公共产品的提供，根据特许经营合同的这一显著特点，本案例合同管理过程中应重点关注以下事项：
(1)合同前期的立项审批管理，主要是对项目立项审批文件的合法性审查。
(2)合同准备及签约管理，包括项目经济技术论证、项目实施方案编制、合同授予方式选择、特许经营者条件设置以及合同签约管理。
(3)合同履行过程动态管理，主要包括项目建设管理、项目运营管理、价格调整管理、合同变更管理、合同终止管理以及争议解决管理。
