1．被告是县政府，甲厂应向市中级法院起诉，若对市中级法院的裁定不服，可向高级法院提起上诉。因为甲厂是对分管副县长的电话指示不服提起诉讼，该指示是分管副县长在履行公务活动中行使职权的行为，其后果应由县政府承担，因此本案的被告是县政府，甲厂应向中级人民法院起诉，因此市中级法院为本案的一审法院，省高院为二审法院。
2．县兽检所可以作为第三人，可以通过申请参加诉讼，或者由人民法院通知参加诉讼。
3．该电话指示属于对相对人的权利义务产生实际影响的内部行为。分管副县长作出的关于停止检疫的电话指示是带有强制性的产生了直接对外效力的行为，所以该指示并不是行政指导，属于可诉行政行为。
4．一审法院的裁定错误，二审法院应当裁定撤销原判，发回重审。一审法院不应当裁定驳回起诉，因为分管副县长的电话指示不属于不可诉的行政指导行为，而是属于可诉的行政命令。
5．法院应当裁定不予立案。该《通知》为行政机关制定、发布的具有普遍约束力的决定、命令，属于不予受理的范围，应当作出不予立案的裁定。
6．法院可以合并审理这两个案件。因为这两个案件是同一行政机关就同一个事实作出的不同行政行为影响了同一行政相对人的不同权益，法院可以决定合并审理。
本案的解题关键在于判断行政机关内部上级对下级作出的指示是否属于人民法院行政诉讼受案范围内的可诉行政行为。考生应当从指示内容是否对公民、法人或者其他组织权利义务产生了实际影响着手进行判断。在行政管理过程中，上级以行政命令形式对下级作出的指示，如果产生了直接的、外部的法律效果，当事人不服提起行政诉讼的，人民法院应当受理。
